הספר אמונות המקרא חושף ומתאר את ריבוי הפנים ומגוון האמונות והדעות בהגות המקראית. הספר דן בסוגיות יסוד של הדת המקראית כדוגמת בעיית הרע ויחסו של האל למיניות לייסורים ולמוות. במוקד הספר עומד פולמוס עם שיטתו של יחזקאל קאופמן בספרו "תולדות האמונה הישראלית". בניגוד לקויפמן שהראה את האמונה המקראית כישות אחידה השונה במובהק מאמונות העמים שסביבה, רואה קנוהל במקרא אוסף של תפיסות רעיוניות ודתיות החלוקות זו על זו. יחסן של אמונות המקרא לאמונות העמים של המזרח הקדום דיאלקטי ומורכב. קויפמן גרס כי האמונה המקראית התקבלה על דעת מרבית העם הישראלי ומשום כך הוא כינה אותה "האמונה הישראלית". לעומתו, סבור קנוהל, כי רק חלק מבני האומה הישראלית קבלו את הדת המקראית וכי קיים פער של ממש בין האמונות המקראיות ובין האמונות ונוהגי הפולחן שרווחו בקרב השכבות הרחבות של האומה הישראלית בתקופת המקרא.