נוסח הפנים של מהדורת ספר יחזקאל משקף את כתר ארם צובה, כתב היד החשוב ביותר של נוסח המסורה הטברני במסורת בן אשר. מתחת לו סדורים ארבעה אפרטים המביאים חילופי גרסאות מעדי הנוסח הקדומים: (א) התרגומים העתיקים – תרגום השבעים ליוונית, הוולגטה ללטינית, תרגום יונתן לארמית והפשיטתא לסורית; (ב) מגילות מדבר יהודה וציטוטי המקרא בספרות חז"ל; (ג) מבחר קטעי גניזה וכתבי יד עבריים 'חוץ-מסורתיים'; (ד) כתבי יד של אסכולות מסרנים שונות עד למהדורת מקראות גדולות של יעקב בן חיים.
עורך עמית-גילן מרכוס. מפעל המקרא הוא מפעל מחקר רב-תחומי במכון למדעי היהדות ע"ש מנדל של האוניברסיטה העברית בירושלים, המוציא לאור מהדורה מדעית של המקרא: תנ"ך האוניברסיטה העברית.