ספרי במדבר הוא מדרש תנאי לספר במדבר הנחשב לאחד מנכסי צאן הברזל של ספרותנו העתיקה. מהדורתו הקודמת יצאה לפני כמאה שנה על ידי רח"ש הורוביץ בלייפציג. מאז נתגלו עדויות חדשות של החיבור ושל פרשניו הראשונים, הן בכתבי יד עתיקים והן בילקוטים מימי הביניים, המצטטים חלקים רחבים ממנו. בד בבד שוכללו שיטות המחקר של ספרות חז"ל וגובשו עקרונות חדשים על אודות הדרך הראויה להוצאת מהדורות מדעיות של ספרות זו. כל אלה מצדיקים את כינונה של מהדורה חדשה לספרי במדבר המיועדת לחוקרי ספרות חז"ל, ללומדי התורה ולשוחרי הדעת.
נוסח הפנים של המהדורה החדשה מבוסס על כ"י וטיקן 32, בכיר כתבי היד של הספרי, השונה במקומות רבים מנוסח המהדורה הקודמת. נוסחאות המהדורה החדשה שופכות לעתים מזומנות אור חדש על דרשותיו והלכותיו של הספרי. צמוד לו מדור עצמאי, שבו פורטו ונומקו כל סטיות המהדורה מנוסחו של כ"י וטיקן 32. במדור חילופי הנוסחאות תועדו חילופים מכל עדי הנוסח הידועים, שמספרם כפול ולעתים אף משולש ממספר העדים שבהם נעזר הורוביץ במהדורתו. אף במדור המקבילות נכלל הרבה חומר חדש. ואולם דומה שתרומתה העיקרית של מהדורה זו בפירוש המפורט הכלול בה. פירוש זה מבוסס על פרשני הספרי הקודמים, שסללו את הדרך להבנת דרשותיו הקשות ולהארת משמעותן הפרשנית וההלכתית, וכן על ההישגים של חקר לשון חז"ל ושל מחקר תורת התנאים בדורות האחרונים, התורמים תרומה מכרעת לביאורן הפשטני של הדרשות ולמחקר דרכי עריכתו של הספרי.
חצייה הראשון של המהדורה, אשר יצא לאור
בהוצאת מאגנס בשנת תשע"א, כולל שלושה חלקים:
חלק א – מהדורה מדעית של הספרי
לפרשות נשא ובהעלותך, פיסקאות א – קו (נוסח פנים ומדור הנלווה לו, רשימת מקבילות
וחילופי נוסחאות).
חלק ב – פירוש דרשות הספרי לפרשת נשא,
פיסקאות א – נח.
חלק ג – פירוש דרשות הספרי לפרשת בהעלותך,
פיסקאות נט – קו.
חצייה השני של המהדורה, כולל שני חלקים:
המהדורה כרך ב – מהדורה מדעית של הספרי
לפרשות שלח עד מסעי, פיסקאות קז – קסא (נוסח פנים ומדור הנלווה לו, רשימת מקבילות
וחילופי נוסחאות).
חלק ד – פירוש דרשות הספרי לפרשות שלח עד מסעי ומפתחות
למהדורה כולה.
"מתוך עבודה מייגעת זו, בפינצטה ממש, של ביקורת הנוסח והשוואת המקורות, דולה המחבר אוצרות גדולים בתחום פרשנות ותולדות ההלכה. הסבלנות משתלמת." - הארץ, מאת: ישי רוזן-צבי, ספטמבר 2015
"הרבה ספרים ומאמרים יצאו מתחת ידו של פרופ' כהנא, ובעז"ה נזכה לעוד פירות מעמלו בתורה, אבל נראה שהמהדורה המעולה הזאת של ספרי על במדבר היא גולת הכותרת של מחקריו. מהדורה לדורות." - בשבע, מאת: הרב יואל קטן, אוגוסט 2015