כתב היד של ספר ראשית חכמה, המתפרסם כאן לראשונה במלואו, הוא אחד משלושה כתבי יד העוסקים בגנותה של החסידות ממחברים עלומי שם שהגיעו לספרייה הלאומית בירושלים משרידי ארכיונו של יוסף פרל (1773–1839), איש טרנופול שבגליציה. על פי עדויות שונות, היו גנוזים בארכיון פרל בטרנופול עוד עשרות כתבי יד בעלי אופי דומה, אך הם ירדו לטמיון במחצית הראשונה של המאה העשרים, תחילה בשל הזנחת הספרייה ומאוחר יותר עקב מאורעות השואה. היקף החיבור 34 דפים כתובים בצפיפות ובכתיבה נקייה, וכאמור בשום מקום לא נרשם שם המחבר או המעתיק. כתב היד, שהמהדירים כינוהו 'ראשית חכמה', נעתק 'בשנת רצון וברכה לאלף הששי', היא שנת תקע"ט (1819), וניכרת בו המסורת של ספרות הפולמוס האנטי-חסידית, ברוח ההשכלה המתונה, המתגדרת בלשון תוכחתית בהגנתה המוצהרת על סמכותה של היהדות התורנית מפני פגיעתם הרעה של החסידים. זמן חיבורו מקביל לימי פרסומו של ספר 'מגלה טמירין' (וינה 1819) מאת יוסף פרל, אך הוא שונה בצביונו ובתכליתו המוצהרת מן היצירה בעלת המוניטין. החיבור שלפנינו מתייחד בשני עניינים מרכזיים: בביקורת תקיפה ומפורטת על ספר 'שבחי הבעש"ט' (קאפוסט תקע"ה), שהיא מהביקורות המפורטות הראשונות על הספר, ובדברים נחרצים בשבח החכמה והמלאכה, המקדימים בכמה שנים את חזונו של יצחק בער לוינזון בספרו 'תעודה בישראל' (וילנה והורדנה תקפ"ח).
עוד בשנת תשמ"ח הכריז פרופ' שמואל ורסס על רצונו לפרסם את כתב היד של 'ראשית חכמה', ובתקופה זו אף התקין העתקה של החיבור וצירף לה מאות הפניות למקורות מקראיים ותלמודיים. בשנת תשס"ח קיבל פרופ' יונתן מאיר לידיו את החומר שערך ורסס כדי להשלימו ולהתקינו לדפוס, והוסיף הערות מבארות, הפניות לספרות שממנה ניזון המחבר וציונים לספרות אנטי-חסידית שהובעו בה טענות קרובות לאלה שב'ראשית חכמה', ובראש ובראשונה לספרי יוסף פרל. את המבוא חיבר ורסס בשלהי שנת תשס"ט, ומאיר הוסיף על דבריו הערות שוליים. שמואל ורסס הלך לעולמו בשעת התקנת הספר לדפוס ולא זכה לראות את המלאכה גמורה. יהא ספר זה זיכרון לפעולתו המבורכת ורבת השנים בחשיפת גנזי יוסף פרל ובחקר ספרות ההשכלה על גווניה השונים.