ד"ר מוטי נייגר הוא חבר סגל בבית הספר לתקשורת במכללה האקדמית נתניה משנת 2001 (מרצה בכיר משנת 2006) ומרצה גם בחוג לתקשורת באוניברסיטה העברית. ד"ר נייגר חבר ועדת ההוראה של בית הספר ומשמש גם כיושב-ראש האגודה הישראלית לתקשורת, ארגון הגג של כלל חוקרי התקשורת בישראל. בעבר שימש ד"ר נייגר כדובר רשות העתיקות וככתב בעיתון "כל העיר".
תחומי התמחותו מתמקדים בשאלות רחבות הקשורות לתקשורת כתרבות:
1. מקומם של "מתווכי תרבות": ניתוח האופן בו פועלים הגורמים המתווכים בין היוצרים לבין הקוראים בתרבות בכלל, ובתרבות העברית והישראלית. במסגרת זו התפרסמו מספר מאמרים מתוך מחקר הדוקטורט שעסק בתפקיד המוספים לספרות בעיתונות היומית בתיווך התרבות (בין היתר, בכתבי העת Journalism, Hebrew Studies) ונותחה שירת המחאה הפוליטית באינתיפדה השניה (ביחד עם ד"ר איילת כהן). כמו כן, בשנת 2007 יראו אור שני ספרים בהוצאת אוניברסיטת בן-גוריון והתאחדות הוצאות ספרים בישראל הבוחנים ההוצאה לאור של ספרים בעברית ותפקידיה התרבותיים, מראשיתה ועד ימינו (עורך פרופ' יגאל שוורץ).
2. תפקיד התקשורת בקונפליקט מתוך פרספקטיבה של מחקר עיתונות ותרבות: במסגרת זאת התפרסמו מאמרים הבוחנים את מקומה של התקשורת בעיצוב שיח הקונפליקט וגבולותיו, מקומם של העתונאים כנציגי הקהילה והתרבות בה הם פועלים, הקרע בעת משבר בין מחויבותם לאומה למחויבותם לתפקידם כעיתונאים (ביחד עם ד"ר אייל זנדברג), וביסוס מסגרת תיאורטית להבחנה לפיה התקשורת מרבה לעסוק בדיווח על אירועים העומדים לקרות בעתיד על-חשבון אירועים בעבר. זאת ועוד, בהקשר זה נחקרה הרטוריקה של שיח התגובה (talkback) באינטרנט (ביחד עם ד"ר איילת כהן) מחקרים אלו רואים אור, בין היתר, ב-
Media, Culture & Society; Journalism; The European Journal of Mass Communication (Communications).
3. התפקיד התרבותי של השידור המסחרי בטלוויזיה: במסגרת זו נחקר ז'אנר תוכניות המציאות (Reality Shows) שאלת הפופולאריות שלו בתוך הקשר של גלובליזציה, לוקליזציה והיברדיות תרבותית (ביחד עם אבישי יוסמן). כמו כן, נבחן התפקיד הציבורי של הטלוויזיה והרדיו המסחריים בימי אבל וזכרון בשעה ש"מדורת השבט" נדדה אליהם מהערוצים הציבוריים (ביחד עם ד"ר אורן מאיירס וד"ר אייל זנדברג).