יותם חותם הוא בוגר של האוניברסיטה העברית בירושלים (2004) ושימש כמרצה אורח באוניברסיטת מדיסון-וויסקונסין (2005-2006). הוא עמית מחקר במרכז להיסטוריה גרמנית ע"ש ריכרד קבנר, ובמכון רוזנצוויג לספרות והיסטוריה תרבותית יהודית-גרמנית באוניברסיטה העברית בירושלים. בין פירסומיו האחרונים קובץ המאמרים "בין המולדות: היקים במחוזותיהם" (ירושלים: מרכז שז"ר 2005), בעריכה משותפת עם משה צימרמן, וכן הקובץ "תור הנעורים: נוער יהודי גרמני בזמן המודרני" (ירושלים: מאגנס 2007).