המועצה המדעית מתמנה על ידי נשיא האוניברסיטה העברית והיא מופקדת מטעמו על הבחינה המדעית של כתבי היד המוגשים לה. המועצה היא הממליצה בפני ההוצאה אלו כתבי יד מתאימים להתפרסם בה ואלו לא. במועצה חברים מרצים וחוקרים מתחומי הידע השונים.

	דניאל שוורץ פרופסור מן המניין בחוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו באוניברסיטה העברית. מחקריו עוסקים בתקופת הבית השני, ובין ספריו תרגומים מפורשים ל"ספר מקבים" ול"חיי יוסף" מאת יוסף בן מתתיהו. משנת 2020 משמש כמנהל האקדמי של בית הספר "ג'ק, ג'וזף ומרטון מנדל ללימודים מתקדמים במדעי הרוח".
	יהושע לוינסון פרופסור בחוג לספרות באוניברסיטה העברית. חוקר ומלמד את ספרות המדרש והאגדה בספרות חז"ל. עוסק בפואטיקה תיאורית של ספרות המדרש וכן תיאורי מסעות בכתבי חז"ל.
	פזית בן-נון-בלום פרופסור במחלקה למדע המדינה באוניברסיטה העברית ומנהלת המעבדה לפסיכולוגיה פוליטית. מחקריה מתמקדים ביחסים בין מוסר ודת לערכים דמוקרטיים ולחשיפה של סמלים תרבותיים במרחב הציבורי.
	יוסף ויצטום דוקטור בחוג לשפה וספרות ערבית באוניברסיטה העברית. מחקריו עוסקים בקוראן ופרשנותו, בספרות החדית', בספרות הסורית הקדם-אסלאמית ובגלגולי מסורות מדרש בין יהדות, נצרות ואסלאם.
	גלית נגה-בנאי
	הגר סלומון
	גדעון טיקוצקי
	ראובן עמיתי