שואת העם היהודי בימי מלחמת העולם השנייה מציבה שאלות נוקבות על מהותה, תבניותיה וערכיה של הציוויליזציה המערבית, זו שאפשרה את רצח העם היהודי והביאה לעולם את מחנות המוות. מן ההוגה היהודי - בן עם הקורבנות - מצופה הבנה באשר למקומו כיהודי בעולם שלאחר השואה. הספר בראשית הייתה השואה מביא קשת רחבה, מגוונת ומקיפה של תגובות הגותיות יהודיות לשואה, ומציע מענים לשאלות של 'צידוק הדין', למשמעות של היות יהודי לאחר השואה ולהתמודדות עם הייאוש והניהיליזם העולים מזיכרון השואה. זיכרון השואה מוצג בספר כצומת מרכזי במפת הדרכים של העולם היהודי בימינו. מצד אחד, מוצגת הספרות ההגותית האורתודוקסית, העושה שימוש בתבניות מסורתיות של צידוק הדין היהודי כדי להתמודד עם בעיות שהשואה מעלה ולהסירן מסדר יומו של הציבור היהודי. מנגד נחשף מגוון של מענים הגותיים המסרבים לראות בשואה חלק מתוכנית ההשגחה האלוהית. חלקם מסרטטים השקפת עולם הומניסטית ולפיה העולם שבו התרחשה השואה אינו נתון להשגחה טרנסצנדנטית; האדם הוא שקובע את גורלו לטוב ולרע. בספר נידונה בהרחבה ההגות המנסה להחזיר לעולם היהודי את אופקיו הערכיים ולהעניק משמעות מחודשת להמשכיות יהודית, למרות הייאוש המבעבע בתשתית עולמם של היהודים. נוסף על העיון הפילוסופי עולות לדיון סוגיות הכרוכות בחינוך ובעיצוב תרבות הזיכרון לשואה, בטקסי הזיכרון ב'יום השואה', ובתכנים של מסעות בני הנוער למחוזות המוות היהודי באירופה.