ד"ר נתן שיפריס עוסק במפעלי תיעוד, מחקר והנצחה של ההיסטוריה היהודית המודרנית, ובפרט בפרויקט חקר יהדות גליציה ובוקובינה. הוא מחברם של הספרים "ילדי הלך לאן? פרשת ילדי תימן: החטיפה וההכחשה" (2019) ו"שי"ר חדש: שלמה יהודה רפפורט - רבנות, השכלה, לאומיות (2021), ועורך שותף של קובץ המאמרים "ילדים של הלב: היבטים חדשים בחקר פרשת ילדי תימן" (2019).