גרשם שלום נולד כגרהרד שלום למשפחה בורגנית מתבוללת בעיר ברלין שבגרמניה. אביו, ארתור שלום היה יהודי מתבולל, פטריוט גרמני ואדם אמיד שבבעלותו בית דפוס גדול. בביתו של ארתור שולם חגגו את חג המולד, אך הוא ראה בהתנצרות "אקט מתרפס וחסר עקרונות" והתנכר לקרוביו שהתנצרו. אחיו הבכור של גרהרד שלום, ריינהולד, היה לאומני גרמני ימני ששמר על דעותיו אלה גם כשנאלץ לצאת לגלות לאוסטרליה עקב עליית הנאציזם. הבן האמצעי, ורנר, היה קומוניסט שהתנגד נחרצות להשתתפות גרמניה במלחמת העולם הראשונה ואף נאסר והואשם בבגידה כשהוביל הפגנה ציבורית נגד המלחמה. גרהרד לעומתם חיפש "שורשים" ו"אותנטיות יהודית", וכבר בצעירותו נמשך לציונות ולמחשבת היהדות בימיו בבית הספר והיה חבר בארגון "יהודה הצעיר". ורנר שלום השפיע על גרהרד וגם הוא השתתף בפעילות האנטי מלחמתית של אחיו, בין השאר בהדפסת עלונים אנטי מלחמתיים בבית הדפוס של אביהם. בשל דעותיו הרדיקליות האנטי מלחמתיות נאלץ לעזוב את בית ספרו כשנה לפני סיום לימודיו.